Die Situation in der Bioinformatik heutzutage präsentiert sich uns mit einer Vielzahl von Biodatenbanken, die jedoch kaum Möglichkeiten zum Austausch bieten.
Abbildung 1.1 : Klassifikation von genomischen Datenbanken [NA01]
Zum einen erschweren die Daten selber den Austausch. Biologische Daten sind für sich genommen schon problematisch in der Handhabung, da sie ein hohes Volumen von Daten und Experimenten aufweisen, hohe Komplexität besitzen und darüber hinaus noch ungewöhnliche Datentypen.
Laut [OM02] sind weitere Ursachen, die den Austausch erschweren, unter anderem:
- Biologische Daten in verschiedenen Formaten wie z.B. FASTA, GFF
- Keine standardisierte Terminologie für Genomik, Proteomik, Publikationen und andere biologische Daten
- Kein Standardprotokoll zum Befragen der Informationsquellen
- Kein(e) Standard-Datenformat(e) zum Austausch der biologischen Daten
- Kein Standard-Modell für die biologischen Daten
Durch diese Umstände [ST02] werden einfache Aufgaben schwer gemacht, wenn man z.B. die Aufgabe nimmt: Gebe mir alle menschlichen Sequenzen, die in der letzten Woche hinzugefügt wurden. Und schwere Aufgaben werden unmöglich wie z.B. Gebe mir die Sequenzen und chromosomale Lagen aller menschlichen Gene, die auch bei der Maus die gleiche Lage und Funktion haben.
Als eine Möglichkeit, um diesen Austausch zu ermöglichen, kann man Web Services nutzen. Diese sind flexibel genug, um mit großen Datenmengen und ungewöhnlichen Datentypen umgehen zu können. Außerdem sind sie unabhängig von der dahinterliegenden Datenbank und den dort vorhandenen Schemas.
Was genau man unter einem Web Service versteht, wie er funktioniert und woraus er besteht, soll in dieser Ausarbeitung näher betrachtet werden. Es soll durch zwei Beispiele die aktuelle Verwendung aufgezeigt werden. Außerdem wird eine Middleware wird vorgestellt, die über einen Web Service eine einheitliche Schnittstelle zu verschiedenen Datenquellen darstellt, bevor zum Schluss ein Fazit gezogen wird.
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