Die Annotation von Entitäten mit Konzepten aus standardisierten Terminologien und Ontologien ist in den Lebenswissenschaften von großer Bedeutung. Mithilfe von Annotationen wird die semantische Interoperabilität, die Informationsgewinnung und die Meta-Analyse von medizinischen Dokumenten verbessert. Ein Anwendungsfall ist z.B. die Analyse von Nebenwirkungen von Medikamenten, bei der Annotationen verwendet werden, um Korrelationsanalysen durchzuführen basierend auf annotierten Patientenakten.

Leider sind medizinische Dokumente, wie z.B klinische Fomulare oder Elektronische Gesundheitsakten (EHR) trotz der Verfügbarkeiten selten annotiert, sodass eine Analyse komplex ist.